液相色譜儀的應用，可用于高沸點、熱穩定性差以及具有生理活性物質的分析。一般來說，沸點在450℃以下，相對分子質量小于450的有機物可用液相色譜儀分析，但這些物質只占有機物的15%～20%，其余的80%～85%有機物原則上都可采用液相色譜儀分析。
色譜柱的使用和維護，色譜柱的正確使用和維護十分重要，稍有不慎就會降低柱效、縮短使用壽命甚至損壞。在色譜操作過程中，需要注意下列問題，以維護色譜柱。調節流速太快，避免壓力和溫度的急劇變化及任何機械震動。溫度的突然變化或者使色譜柱從高處掉下都會影響柱內的填充狀況；柱壓的突然升高或降低也會沖動柱內填料，因此在調節流速時應該緩慢進行，在閥進樣時閥的轉動不能過緩。
反沖色譜柱，一般說來色譜柱不能反沖，只有生產者指明該柱可以反沖時，才可以反沖除去留在柱頭的雜質。否則反沖會迅速降低柱效，預柱和保護柱，選擇使用適宜的流動相（尤其是pH），以避免固定相被破壞。有時可以在進樣器前面連接一預柱，分析柱是鍵合硅膠時，預柱為硅膠，可使流動相在進入分析柱之前預先被硅膠“飽和”，避免分析柱中的硅膠基質被溶解。避免將基質復雜的樣品尤其是生物樣品直接注入柱內，需要對樣品進行預處理或者在進樣器和色譜柱之間連接一保護柱。保護柱一般是填有相似固定相的短柱。保護柱可以而且應該經常更換。
液相色譜儀的基本結構，由輸液系統、進樣系統、分離系統、檢測系統和數據處理系統等組成。工作原理，利用混合物各組分在固定相和流動相中溶解、分配或吸附等化學作用性能的差異，使各組分在作相對運動的兩相中反復多次受到上述各作用力而達到相互分離。
從液相色譜儀工作流程中看到，色譜柱是實現分離的核心部件，要求柱效高、柱容量大和性能穩定。柱性能與柱結構、填料特性、填充質量和使用條件有關。色譜填料：經過制備處理后，用于填充色譜柱的物質顆粒，通常是5-10粒徑的球形顆粒。色譜柱管：內部拋光的不銹鋼管。典型的液相色譜分析柱尺寸是內徑4.6mm，長250mm。色譜柱：也稱固定相，是將色譜填料填充到色譜柱管中所構成的，色譜柱的填充，干法填充：在硬臺面上鋪上軟墊，將空柱管上端打開垂直放在軟墊上，用漏斗每次灌入50-100mg填料，然后垂直臺面墩10-20次。濕法填充：又稱淤漿填充法，使用專門的填充裝置。
